# Membaca Resistensi TBC dari Dalam Genom Kuman: Catatan atas Katalog Mutasi WHO Edisi Ketiga

- Link: https://legawa.com/obrolan-kesehatan/katalog-mutasi-tbc-who-edisi-ketiga-resistensi-obat/
- Published: 2026-11-07T07:50:12+07:00
- Author: Cahya

Bayangkan seorang pasien TBC yang sudah dua kali gagal pengobatan di sebuah puskesmas
di Kupang. Dahaknya sudah dikirim ke laboratorium, tetapi hasil biakan butuh waktu
berminggu-minggu. Dokter perlu memutuskan obat apa yang layak diberikan sekarang.
Sebagian jawabannya ternyata bisa dibaca dari genom bakteri penyebab penyakit itu._(
Kasus di atas fiktif, dibuat sebagai ilustrasi.)_

Pada awal 2026, WHO menerbitkan [edisi ketiga _Catalogue of mutations in Mycobacterium tuberculosis complex and their association with drug resistance_](https://www.who.int/publications/i/item/9789240124653).
Katalog ini adalah daftar referensi global yang menghubungkan perubahan genetik 
pada kuman TBC dengan resistensi obat yang diukur di laboratorium. Isinya teknis,
tetapi arah pemikirannya penting bagi siapa pun yang bekerja dengan TBC, mulai dari
klinisi, petugas laboratorium, hingga pengelola program.

## Mengapa resistensi TBC sulit dibaca

Menurut data WHO yang dikutip katalog, sekitar 10,7 juta orang jatuh sakit karena
TBC pada 2024, dan 1,23 juta di antaranya meninggal. Resistensi obat memperumit 
keadaan. Pada tahun yang sama, baru 164.545 orang (42 persen) dengan TBC resisten
rifampisin yang memulai pengobatan. Pengujian resistensi terhadap fluorokuinolon
juga belum merata: sekitar 58 persen penderita TBC resisten rifampisin yang diuji
untuk obat ini.

Resistensi pada _Mycobacterium tuberculosis_ terutama terjadi karena perubahan pada
kromosom bakteri, bukan karena gen yang berpindah antarbakteri. Untuk rifampisin,
isoniazid, dan fluorokuinolon, peta mutasinya sudah cukup jelas dan menjadi dasar
banyak uji molekuler yang tersedia saat ini. Untuk obat yang lebih baru atau yang
dipakai ulang, seperti bedaquilin, sikloserin, linezolid, delamanid, dan pretomanid,
mekanismenya masih kurang dipetakan. Mutasi yang diketahui pun belum tentu menangkap
semua jalur resistensi. Karena itu, uji fenotipik (biakan yang menguji apakah kuman
tumbuh pada kadar obat tertentu) tetap menjadi rujukan utama.

## Dari genom ke angka: cara katalog dibangun

Edisi ketiga memakai data dari lebih dari 71.000 isolat _M. tuberculosis_ complex
yang berasal dari lebih dari 75 negara. Setiap isolat punya dua jenis informasi 
yang berpasangan: urutan genomnya (_whole-genome sequencing_) dan hasil uji kepekaan
obat fenotipik. Semua genom diproses dengan pipa bioinformatika yang sama, memakai
platform Illumina dan genom acuan H37Rv, sehingga data dari laboratorium yang berbeda
bisa dibandingkan.

Mutasi hanya dimasukkan ke analisis jika frekuensi alelnya minimal 75 persen dan
skor kualitas minimal 1000. Mutasi yang muncul baik pada isolat resisten maupun 
rentan dianggap netral dan disingkirkan. Mutasi yang tersisa lalu dinilai seberapa
kuat hubungannya dengan resistensi, memakai rasio odds, _positive predictive value_(
PPV), dan interval kepercayaan 95 persen. Hasil akhirnya dibagi ke dalam lima grup
bukti.

## Lima grup bukti

| Grup | Label dalam katalog | Makna praktis | 
| 1 | Assoc w R (terkait resistensi) | Penanda resistensi pada konsentrasi kritis WHO | 
| 2 | Assoc w R–interim | Penanda resistensi, tetapi bukti masih bersifat sementara | 
| 3 | Uncertain significance | Signifikansinya belum pasti; dapat naik grup jika ada bukti tambahan | 
| 4 | Not assoc w R–interim | Bukan penanda resistensi, dengan bukti sementara | 
| 5 | Not assoc w R | Bukan penanda resistensi |

Grup 1 dan 2 dibaca sebagai penanda resistensi yang bermakna secara klinis. Grup
4 dan 5 bukan penanda resistensi. Grup 3 menandakan ketidakpastian, bukan kepastian
kebalikannya.

## Daftar mutasi saja tidak cukup

Penulis katalog menekankan bahwa Daftar Mutasi Bertingkat (_Graded Mutation List_)
tidak boleh dipakai sendirian. Ada tiga langkah interpretasi yang harus dijalankan
berurutan:

 1. Periksa apakah mutasi tercantum dalam daftar. Jika tidak, terapkan aturan tambahan.
    Mutasi senyap (_silent_) umumnya tidak menyebabkan resistensi. Mutasi hilang fungsi(
    _loss of function_, LoF) pada gen tertentu dianggap penanda, misalnya pada _katG_
    untuk isoniazid dan _pncA_ untuk pirazinamid.
 2. Periksa epistasis, yaitu mutasi lain yang bisa mengubah efek mutasi utama. Contohnya,
    mutasi _katG_ yang semula berada di grup 3 bisa naik ke grup 2 jika ada mutasi 
    kompensasi pada promoter _ahpC_ dan keduanya terkait dalam satu strain. Aturan 
    ini tidak diterapkan jika isolat sudah resisten isoniazid tingkat tinggi karena
    mutasi lain.
 3. Tentukan tingkat resistensinya. Pada fluorokuinolon, misalnya, mutasi _gyrA_ tertentu
    menandakan resistensi tingkat tinggi terhadap moksifloksasin, sedangkan mutasi 
    lain hanya menandakan resistensi tingkat rendah.

Contoh lain menunjukkan betapa konteks penting. Mutasi senyap pada _pncA_ dapat 
berfungsi sebagai penanda filogenetik untuk _M. canettii_. Jika spesies ini teridentifikasi,
isolat dilaporkan resisten terhadap pirazinamid dan pretomanid sesuai aturan tambahan
dalam katalog. Dengan kata lain, satu nukleotida bisa berarti sesuatu yang sama 
sekali berbeda tergantung pada konteks genomnya.

## Apa yang berubah dari edisi kedua

Edisi ketiga memperluas data, memperbaiki metode, dan menambah tanya jawab praktis
untuk pertama kalinya. Tabel di bawah ini membandingkan proporsi resistensi pada
dataset yang hanya memuat metode direkomendasikan WHO, dalam persen:

| Obat | Edisi kedua | Edisi ketiga | 
| Rifampisin | 32,6 | 32,9 | 
| Isoniazid | 38,5 | 35,7 | 
| Etambutol | 19,8 | 17,9 | 
| Pirazinamid | 19,1 | 16,9 | 
| Levofloksasin | 22,0 | 20,0 | 
| Bedaquilin | 41,7 | 35,9 | 
| Amikasin | 12,5 | 11,1 |

_Sumber: Tabel 2 katalog WHO edisi ketiga, dataset WHO. Angka dataset lengkap (ALL)
berbeda karena memasukkan metode yang belum ditinjau WHO._

Penurunan angka pada tabel ini jangan langsung dibaca sebagai tren nasional atau
global. Komposisi data ikut berubah dari satu edisi ke edisi berikutnya, sehingga
perbandingan antaredisi perlu dilakukan dengan hati-hati.

## Seberapa dapat dipercaya?

Untuk rifampisin, kombinasi grup 1 dan 2 memiliki sensitivitas sekitar 92 persen
dan spesifisitas sekitar 97 persen dalam dataset yang sama. Angka ini menggambarkan
seberapa baik katalog mengenali resistensi pada data yang menjadi dasarnya. Penulis
sendiri mengingatkan bahwa angka ini belum menggambarkan performa maksimal di klinik.

Ada beberapa alasan kehati-hatian. Pertama, penilaian dilakukan pada data yang sama
dengan data pembentuk katalog, dan validasi independen masih dibutuhkan. Kedua, 
baku emas pDST sendiri tidak sempurna, terutama karena perbedaan konsentrasi kritis
dan metode dari waktu ke waktu. Ketiga, mutasi yang jarang dan obat dengan data 
fenotipik terbatas tetap menyimpan ketidakpastian yang besar.

## Relevansi untuk layanan di Indonesia

Tes cepat molekuler yang beredar di Indonesia umumnya dirancang untuk mendeteksi
resistensi rifampisin. Untuk obat lain, seperti fluorokuinolon, bedaquilin, atau
linezolid, katalog ini lebih relevan bagi laboratorium rujukan yang sudah melakukan
sekuensing atau uji fenotipik berkualitas. Di tingkat layanan, pembacaan hasil genotipik
tetap harus mengikuti penjaminan mutu laboratorium dan pedoman tata laksana nasional.
Katalog ini bukan alat pengambil keputusan klinis yang berdiri sendiri.

## Penutup

Nilai utama katalog ini bukan pada daftar mutasinya saja. Yang lebih penting adalah
cara berpikirnya: sebuah mutasi tidak dibaca sebagai vonis, melainkan sebagai bukti
yang kekuatannya perlu ditimbang, dengan konteks genom dan kualitas laboratorium
sebagai bagian dari penilaian. Bagi dunia kesehatan Indonesia, pendekatan ini sejalan
dengan kebutuhan memperkuat deteksi resistensi tanpa menunggu semua jawaban tersedia.

## Sumber

 * WHO. [_Catalogue of mutations in Mycobacterium tuberculosis complex and their association with drug resistance, third edition_](https://www.who.int/publications/i/item/9789240124653).
   Geneva: World Health Organization; 2026.
 * WHO. [Portal sekuensing TB WHO](https://tbsequencing.who.int/overview) (disebut
   dalam katalog sebagai sumber pengajuan data).

_Catatan: ulasan ini disusun dari naskah utama katalog. Lampiran web (Web Annex 
A, B, dan C) tidak dibaca rinci. Tulisan ini bersifat informasi umum dan tidak menggantikan
pedoman klinis atau laboratorium yang berlaku._