Bhyllabus l'énigme

Pemeriksaan untuk COVID-19 dilakukan melalui pelbagai cara, mulai dari penapisan (screening) dengan menggunakan RDT (rapid diagnostic test), hingga menggunakan RT-PCR (reverse transcriptase–polymerase chain reaction), serta melacak menggunakan ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) IgM dan IgG SARS-CoV-2.

Sejauh ini, tes yang paling umum digunakan dan dapat diandalkan untuk diagnosis COVID-19 adalah tes RT-PCR yang dilakukan menggunakan penyeka nasofaring atau spesimen saluran pernapasan atas lainnya, termasuk usap tenggorokan atau, baru-baru ini, dari sampel air liur. Pelbagai target gen RNA digunakan oleh produsen yang berbeda, dengan sebagian besar tes menargetkan 1 atau lebih dari amplop (env), nukleokapsid (N), spike (S), RNA yang bergantung pada polimerase (RdRp) RNA, dan gen ORF1.

Pada sebagian besar orang yang terinfeksi COVID-19 yang bergejala, RNA virus pada usap nasofaring yang diukur dengan ambang siklus (Ct) menjadi terdeteksi pada awal hari pertama gejala dan memuncak pada minggu pertama onset gejala. Ct adalah jumlah siklus replikasi yang diperlukan untuk menghasilkan sinyal fluoresens, dengan nilai Ct yang lebih rendah mewakili muatan RNA virus yang lebih tinggi. Nilai Ct kurang dari 40 dilaporkan secara klinis sebagai PCR positif. Kepositifan ini mulai menurun pada minggu ke 3 dan kemudian menjadi tidak terdeteksi. Namun, nilai Ct yang diperoleh pada pasien kondisi berat yang dirawat di rumah sakit lebih rendah daripada nilai Ct pada kasus ringan, dan PCR positif dapat bertahan lebih dari 3 minggu setelah onset penyakit ketika sebagian besar kasus ringan akan menghasilkan hasil negatif. Namun, hasil PCR “positif” hanya mencerminkan deteksi RNA virus dan tidak selalu menunjukkan keberadaan virus yang hidup.

Dalam beberapa kasus, RNA virus telah terdeteksi oleh RT-PCR bahkan setelah minggu ke 6 setelah tes positif pertama. Beberapa kasus juga telah dilaporkan positif setelah 2 tes PCR negatif berturut-turut dilakukan 24 jam terpisah. Tidak jelas apakah ini merupakan kesalahan pengujian, infeksi ulang, atau reaktivasi. Dalam sebuah penelitian terhadap 9 pasien, upaya untuk mengisolasi virus dalam kultur tidak berhasil setelah hari ke 8 penyakit, yang berkorelasi dengan penurunan infektivitas setelah minggu pertama. Itulah sebabnya mengapa “strategi berbasis gejala” dari Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (CDC) menunjukkan bahwa petugas kesehatan dapat kembali bekerja, jika “setidaknya 3 hari (72 jam) telah berlalu sejak pemulihan ditetapkan sebagai menurunnya demam tanpa menggunakan obat penurun demam dan perbaikan gejala pernapasan (misalnya, batuk, sesak napas); dan, setidaknya 10 hari telah berlalu sejak gejala pertama kali muncul.”

Infeksi COVID-19 juga dapat dideteksi secara tidak langsung dengan mengukur respon imun inang terhadap infeksi SARS-CoV-2. Diagnosis serologis sangat penting untuk pasien dengan penyakit ringan sampai sedang yang mungkin datang terlambat, setelah 2 minggu pertama onset penyakit. Diagnosis serologis juga menjadi alat penting untuk memahami tingkat COVID-19 di masyarakat dan untuk mengidentifikasi individu yang kebal dan berpotensi “dilindungi” dari infeksi.

Penanda serologis yang paling sensitif dan paling awal adalah antibodi total, yang kadarnya mulai meningkat sejak minggu kedua onset gejala. Meskipun IgM dan IgG ELISA telah ditemukan positif bahkan pada hari keempat setelah onset gejala, tingkat yang lebih tinggi terjadi pada minggu kedua dan ketiga penyakit.

Tes antibodi IgM dan IgG berbasis ELISA memiliki spesifisitas lebih dari 95% untuk diagnosis COVID-19. Pengujian sampel serum berpasangan dengan PCR awal dan 2 minggu kedua kemudian dapat lebih meningkatkan akurasi diagnostik. Biasanya, sebagian besar antibodi diproduksi terhadap protein paling banyak dari virus, yaitu NC (nucleocapsid). Oleh karena itu, tes yang mendeteksi antibodi terhadap NC akan menjadi yang paling sensitif. Namun, domain pengikat reseptor dari protein S (RBD-S) adalah protein perlekatan inang, dan antibodi terhadap RBD-S akan lebih spesifik dan diharapkan dapat dinetralkan. Oleh karena itu, menggunakan satu atau kedua antigen untuk mendeteksi IgG dan IgM akan menghasilkan sensitivitas yang tinggi. Antibodi mungkin, bagaimanapun, memiliki reaktivitas silang dengan SARS-CoV dan kemungkinan coronavirus lainnya.

Tes di tempat seperti RDT untuk mendeteksi antibodi telah banyak dikembangkan dan dipasarkan dan memiliki kualitas variabel. Banyak produsen tidak mengungkapkan sifat antigen yang digunakan. Tes-tes ini murni bersifat kualitatif dan hanya dapat menunjukkan ada atau tidaknya antibodi SARS-CoV-2. Keberadaan antibodi penawar (neutralizing antibodies) hanya dapat dikonfirmasi dengan tes netralisasi pengurangan plak. Namun, titer tinggi antibodi IgG yang terdeteksi oleh ELISA telah terbukti berkorelasi positif dengan antibodi penawar. Kegigihan jangka panjang dan lamanya perlindungan yang diberikan oleh antibodi penawar tetap tidak diketahui.

Bacaan lanjutan:

• Sethuraman, N., Jeremiah, S. S., & Ryo, A. Interpreting Diagnostic Tests for SARS-CoV-2. JAMA.
• Nalla, A. K., Casto, A. M., Huang, M. L. W., Perchetti, G. A., Sampoleo, R., Shrestha, L., … & Greninger, A. L. (2020). Comparative Performance of SARS-CoV-2 Detection Assays using Seven Different Primer/Probe Sets and One Assay Kit. Journal of Clinical Microbiology.
• Zheng, S., Fan, J., Yu, F., Feng, B., Lou, B., Zou, Q., … & Chen, W. (2020). Viral load dynamics and disease severity in patients infected with SARS-CoV-2 in Zhejiang province, China, January-March 2020: retrospective cohort study. bmj, 369.
• Wölfel, R., Corman, V. M., Guggemos, W., Seilmaier, M., Zange, S., Müller, M. A., … & Hoelscher, M. (2020). Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature, 1-5.
• To, K. K. W., Tsang, O. T. Y., Leung, W. S., Tam, A. R., Wu, T. C., Lung, D. C., … & Lau, D. P. L. (2020). Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study. The Lancet Infectious Diseases.
• Xiang, F., Wang, X., He, X., Peng, Z., Yang, B., Zhang, J., … & Wei, X. (2020). Antibody Detection and Dynamic Characteristics in Patients with COVID-19. Clinical Infectious Diseases.